Обитель Феи

[Ksenia]

Новая лекция Кантора про парафилии, если интересно (см. ниже)...Я не совсем согласна с ним, как и с Доком не совсем согласна. Но все равно я уважаю Кантора как самостоятельного субъекта познания, который пытается понять сексуальность на глубоком теоретическом уровне, что является очень редким явлением.

В основном врачи и психологи работают, как простые экспертные системы -- распознавание паттернов, назначение терапии, с этим и простой AI справится. А обычные ученые в области нейронаук, исследования мозга просто собирают данные без построения глубоких теорий, причем эти данные в большинстве случае junk, как во многих областях медицины (на первом месте по junk data, конечно психиатрия, на втором -- онкология), в этой статье объясняется, почему так Replicability in Brain Imaging (такое бывает, когда нет глубоких теорий, и когда есть много неупорядоченных данных, тогда можно найти корреляцию чего угодно с чем угодно, и ее опубликовать в научном журнале как статистически достоверную, но другое исследование это не подтвердит в силу проблем с коррекцией на множественное тестирование, получение статистически значимых различий и корреляций за счет HARKing, ну кто занимается научными исследованиями, тот меня поймет 🙂 )

Ну и Док здесь тоже в целом самостоятельный субъект познания, который свою теорию выстраивает, поэтому я на форуме этом задержалась (вообще тут все постоянные форумчане самостоятельные субъекты познания, ищут свой путь) но я все равно смотрю на мир и сексуальность не так, как Док или Кантор, я свою теорию развиваю. Но все равно другие взгляды будут полезны.

 

[dok34.ru]

Анонимность ёк?🙂

 

[Ksenia]

Анонимность ёк?🙂

Аааа ну да. Есть тогда смысл удалить 2 последних моих поста, у меня прав нет на удаление.

 

[dok34.ru]

Аааа ну да. Есть тогда смысл удалить 2 последних моих поста, у меня прав нет на удаление.

Убрал, согласен.

 

[Ksenia]

Вот, исследуют антипсихотики с помощью той методологии, которую я использую в аспирантуре. Atomistic molecular dynamics simulations of typical and atypical antipsychotic drugs at the dopamine D2 receptor (D2R) elucidates their inhibition mechanism - PubMed

Только я квантово-механические эффекты (суперпозиция, запутанность) учитываю.

Кстати, Док. Почему многие классические концепции к квантовой механики не применимы, почему эволюция системы в ней описывается в терминах гамильтониан (полной энергии), а не сил. Потому что силы к чему-то прилагаются, как вы правильно заметили. А в квантовой механики говорить об этом невозможно, так как, например, свободный электрон "размазан" по всей Вселенной. Его с равной вероятностью можно найти в любой точке пространства. А электрон с потенциальной энергией (то есть тот, на который действуют силы в терминах классической механики)уже нет. Например, в атоме водорода он находится в 1s состоянии. А это сфера. Это, кстати, результат решения уравнения Шредингера. Из него же следует дискредитизация уровней энергии по орбиталям.

Кстати, для сложных атомов модель отдельных орбиталей не работает, так как надо учитывать взаимное взаимодействие электронов. То есть картина из курса химии -- грубое приближение, при котором не учитывается взаимное взаимодействие электронов, и оно работает для легких элементов. Гамильтониан сложный сильно получится у тяжелых атомов, типо урана. И тут на помощь приходит DFT, теория функционала электронной плотности. В металлах вообще все орбитали расщепляются, смещаются, то есть это, по сути, одна большая молекула получается. Там от исходных обителей типо 1s вообще ничего не останется.

 

[dok34.ru]

"Коррелят понятия «сознание» считается самоочевидным и, по-видимому, фундаментальным (так, например, говорят, что наличие сознания — отличительная черта человека от остальных животных). При этом оно устойчиво ускользает от чёткого теоретического определения — т.е. трудно дать ответ, прежде всего, на вопрос «что есть сознание?», — из-за чего имеется множество разрозненных значений этого понятия. А такое определение может быть дано только с более высокой точки зрения, нежели с таковой самого сознания. Первая и, насколько мне известно, единственная серьёзная философская попытка рассмотреть сознание «свыше» была предпринята Гегелем в «Феноменологии духа» — произведении, почти полностью проигнорированным по существу и лишь разобранным на фрагменты и цитаты. Однако подход, сводящий сознание к низшей ступени развития познающего себя абсолютного духа, страдает рядом недостатков, разбирать которые здесь не место. Вместо этого я бы хотел попытаться обрисовать здесь, что само это понятие — философски производное, а не первичное и безусловное.

Итак, понятие «сознание» относится к фундаментальности нашего существования, поскольку бесспорна разница между человеком, находящимся, как мы говорим, в сознании, и им же, лежащим без сознания. Существование в сознании характеризуется тем, что в обязательном порядке при этом имеется существование внешнего мира. Однако если взять это последнее существование за минусом людей и их сознаний, то о нём мы можем утверждать лишь по косвенным (археологическим) признакам — что мир, действительно, существовал и до зарождения жизни на Земле, о чём говорит возраст древних пород и т.д. Тогда как существование людей без (или вне) существования мира невозможно. Следовательно, на фундаментальном уровне имеет место необходимая одновременность существования человека и мира. Сам же мир в своей полноте — это не только тотальность наблюдаемого внешнего мира, но и тотальность совокупности всех его осознающих наблюдателей. Поэтому, фактически, нет основания делить существование вообще надвое — на существование человека и существование внешнего мира. Есть только одно существующее — это мир во всей полноте.

И здесь мы переходим к вопросу: как оказалось возможным, что мы всё же делим мир на «внешний» и «внутренний», даже если границы этого внутреннего явно не определены? Это возможно лишь за счёт того, что мы берём за фундаментальную основу пространственный аспект существования мира как целого. В этой ограниченности человек осознаёт себя, прежде всего, как простая самотождественность своего материального тела, которое занимает определённый объём в пространстве и, будучи этим вещественным образованием, существует точно так же, как и все остальные образования такого рода. Сопоставляя себя с окружающими его каждый раз материальными объектами, человек обнаруживает, что сам является таким объектом и, будучи им, всё время находится в пространственном отношении к ним.

Далее, человек признаёт, что это пространственное отношение его тела к остальным вещам константно — значит, неизменно, — и в итоге заключает, что поскольку оно распространяется на все вещи вообще, то нет разницы, говорить ли здесь о всех вещах или же об их тотальности, которая зовётся словами «природа» и «мир». Однако последнее есть не что иное, как абстракции, — тогда как производящий это абстрагирование человек выводит себя из-под действия тех понятий и остаётся существовать как некая изолированная от них реальная единица. Реальная потому, что он не подводит себя самого под эти абстракции и, таким образом, считает первично достоверным только существование себя самого как пространственного объекта, т.е. тела, пребывающего в пространственном отношении к вещам.

Из этой во многом бессознательной операции и возникает понятие «сознание» — которое также можно понимать как регулятор пространственного положения тела человека (да и других живых организмов) ко всем материальным объектам. Соответственно, когда человек теряет сознание, он вместе с тем теряет и это отношение, однако его существование при этом не прекращается.

Тогда, согласно этому, метафизика есть череда попыток мыслителей обобщить и возвысить своё сознательное (пространственное) существование, прибегая к понятию высшей первопричины. Что же касается самой этой способности к теоретическому познанию и философской рефлексии, — вообще, всякой «оторванной от жизни» душевной активности, — то видится, что за это отвечает другой «орган», нежели то, что только определяет положение тела человека в пространстве и его отношение ко всему вещественному"
...не моё🙂
Но показывает, что и метафизики нуждаются в опоре 🙂

 

[Ksenia]

"Коррелят понятия «сознание» считается самоочевидным и, по-видимому, фундаментальным (так, например, говорят, что наличие сознания — отличительная черта человека от остальных животных). При этом оно устойчиво ускользает от чёткого теоретического определения — т.е. трудно дать ответ, прежде всего, на вопрос «что есть сознание?», — из-за чего имеется множество разрозненных значений этого понятия. А такое определение может быть дано только с более высокой точки зрения, нежели с таковой самого сознания. Первая и, насколько мне известно, единственная серьёзная философская попытка рассмотреть сознание «свыше» была предпринята Гегелем в «Феноменологии духа» — произведении, почти полностью проигнорированным по существу и лишь разобранным на фрагменты и цитаты. Однако подход, сводящий сознание к низшей ступени развития познающего себя абсолютного духа, страдает рядом недостатков, разбирать которые здесь не место. Вместо этого я бы хотел попытаться обрисовать здесь, что само это понятие — философски производное, а не первичное и безусловное.

Итак, понятие «сознание» относится к фундаментальности нашего существования, поскольку бесспорна разница между человеком, находящимся, как мы говорим, в сознании, и им же, лежащим без сознания. Существование в сознании характеризуется тем, что в обязательном порядке при этом имеется существование внешнего мира. Однако если взять это последнее существование за минусом людей и их сознаний, то о нём мы можем утверждать лишь по косвенным (археологическим) признакам — что мир, действительно, существовал и до зарождения жизни на Земле, о чём говорит возраст древних пород и т.д. Тогда как существование людей без (или вне) существования мира невозможно. Следовательно, на фундаментальном уровне имеет место необходимая одновременность существования человека и мира. Сам же мир в своей полноте — это не только тотальность наблюдаемого внешнего мира, но и тотальность совокупности всех его осознающих наблюдателей. Поэтому, фактически, нет основания делить существование вообще надвое — на существование человека и существование внешнего мира. Есть только одно существующее — это мир во всей полноте.

И здесь мы переходим к вопросу: как оказалось возможным, что мы всё же делим мир на «внешний» и «внутренний», даже если границы этого внутреннего явно не определены? Это возможно лишь за счёт того, что мы берём за фундаментальную основу пространственный аспект существования мира как целого. В этой ограниченности человек осознаёт себя, прежде всего, как простая самотождественность своего материального тела, которое занимает определённый объём в пространстве и, будучи этим вещественным образованием, существует точно так же, как и все остальные образования такого рода. Сопоставляя себя с окружающими его каждый раз материальными объектами, человек обнаруживает, что сам является таким объектом и, будучи им, всё время находится в пространственном отношении к ним.

Далее, человек признаёт, что это пространственное отношение его тела к остальным вещам константно — значит, неизменно, — и в итоге заключает, что поскольку оно распространяется на все вещи вообще, то нет разницы, говорить ли здесь о всех вещах или же об их тотальности, которая зовётся словами «природа» и «мир». Однако последнее есть не что иное, как абстракции, — тогда как производящий это абстрагирование человек выводит себя из-под действия тех понятий и остаётся существовать как некая изолированная от них реальная единица. Реальная потому, что он не подводит себя самого под эти абстракции и, таким образом, считает первично достоверным только существование себя самого как пространственного объекта, т.е. тела, пребывающего в пространственном отношении к вещам.

Из этой во многом бессознательной операции и возникает понятие «сознание» — которое также можно понимать как регулятор пространственного положения тела человека (да и других живых организмов) ко всем материальным объектам. Соответственно, когда человек теряет сознание, он вместе с тем теряет и это отношение, однако его существование при этом не прекращается.

Тогда, согласно этому, метафизика есть череда попыток мыслителей обобщить и возвысить своё сознательное (пространственное) существование, прибегая к понятию высшей первопричины. Что же касается самой этой способности к теоретическому познанию и философской рефлексии, — вообще, всякой «оторванной от жизни» душевной активности, — то видится, что за это отвечает другой «орган», нежели то, что только определяет положение тела человека в пространстве и его отношение ко всему вещественному"
...не моё🙂
Но показывает, что и метафизики нуждаются в опоре 🙂

Да, я же планирую после получения ученой степени по физике поступить в аспирантуру на философию, хочу философские научные статьи писать, в том числе по животрепещущим темам, в

"Коррелят понятия «сознание» считается самоочевидным и, по-видимому, фундаментальным (так, например, говорят, что наличие сознания — отличительная черта человека от остальных животных). При этом оно устойчиво ускользает от чёткого теоретического определения — т.е. трудно дать ответ, прежде всего, на вопрос «что есть сознание?», — из-за чего имеется множество разрозненных значений этого понятия. А такое определение может быть дано только с более высокой точки зрения, нежели с таковой самого сознания. Первая и, насколько мне известно, единственная серьёзная философская попытка рассмотреть сознание «свыше» была предпринята Гегелем в «Феноменологии духа» — произведении, почти полностью проигнорированным по существу и лишь разобранным на фрагменты и цитаты. Однако подход, сводящий сознание к низшей ступени развития познающего себя абсолютного духа, страдает рядом недостатков, разбирать которые здесь не место. Вместо этого я бы хотел попытаться обрисовать здесь, что само это понятие — философски производное, а не первичное и безусловное.

Итак, понятие «сознание» относится к фундаментальности нашего существования, поскольку бесспорна разница между человеком, находящимся, как мы говорим, в сознании, и им же, лежащим без сознания. Существование в сознании характеризуется тем, что в обязательном порядке при этом имеется существование внешнего мира. Однако если взять это последнее существование за минусом людей и их сознаний, то о нём мы можем утверждать лишь по косвенным (археологическим) признакам — что мир, действительно, существовал и до зарождения жизни на Земле, о чём говорит возраст древних пород и т.д. Тогда как существование людей без (или вне) существования мира невозможно. Следовательно, на фундаментальном уровне имеет место необходимая одновременность существования человека и мира. Сам же мир в своей полноте — это не только тотальность наблюдаемого внешнего мира, но и тотальность совокупности всех его осознающих наблюдателей. Поэтому, фактически, нет основания делить существование вообще надвое — на существование человека и существование внешнего мира. Есть только одно существующее — это мир во всей полноте.

И здесь мы переходим к вопросу: как оказалось возможным, что мы всё же делим мир на «внешний» и «внутренний», даже если границы этого внутреннего явно не определены? Это возможно лишь за счёт того, что мы берём за фундаментальную основу пространственный аспект существования мира как целого. В этой ограниченности человек осознаёт себя, прежде всего, как простая самотождественность своего материального тела, которое занимает определённый объём в пространстве и, будучи этим вещественным образованием, существует точно так же, как и все остальные образования такого рода. Сопоставляя себя с окружающими его каждый раз материальными объектами, человек обнаруживает, что сам является таким объектом и, будучи им, всё время находится в пространственном отношении к ним.

Далее, человек признаёт, что это пространственное отношение его тела к остальным вещам константно — значит, неизменно, — и в итоге заключает, что поскольку оно распространяется на все вещи вообще, то нет разницы, говорить ли здесь о всех вещах или же об их тотальности, которая зовётся словами «природа» и «мир». Однако последнее есть не что иное, как абстракции, — тогда как производящий это абстрагирование человек выводит себя из-под действия тех понятий и остаётся существовать как некая изолированная от них реальная единица. Реальная потому, что он не подводит себя самого под эти абстракции и, таким образом, считает первично достоверным только существование себя самого как пространственного объекта, т.е. тела, пребывающего в пространственном отношении к вещам.

Из этой во многом бессознательной операции и возникает понятие «сознание» — которое также можно понимать как регулятор пространственного положения тела человека (да и других живых организмов) ко всем материальным объектам. Соответственно, когда человек теряет сознание, он вместе с тем теряет и это отношение, однако его существование при этом не прекращается.

Тогда, согласно этому, метафизика есть череда попыток мыслителей обобщить и возвысить своё сознательное (пространственное) существование, прибегая к понятию высшей первопричины. Что же касается самой этой способности к теоретическому познанию и философской рефлексии, — вообще, всякой «оторванной от жизни» душевной активности, — то видится, что за это отвечает другой «орган», нежели то, что только определяет положение тела человека в пространстве и его отношение ко всему вещественному"
...не моё🙂
Но показывает, что и метафизики нуждаются в опоре 🙂

Я по философии сейчас читаю Мишеля Фуко и Жака Деррида, причем второй был учеником первого, купила их книги. Изучаю Фуко "Надзирать и наказывать", которая посвящена тюрьмам и в целом дисциплинарной власти, а из работ Деррида читаю "Письмо и различие". Последняя интересна тем, что ее вторая часть посвящена критики работе Фуко "безумия и цивилизация". Очень глубокий философский спор получился у них о безумии и психиатрии. Я его на пальцах не смогу сейчас пересказать, очень сложно. Фуко написал книгу про психиатрию в духе структурализма, он пытался нащупать культуру Европы, ее структуры, главным образом Франции, и как безумие в нее было вписано в структуру культуры в разные исторические эпохи, как структура менялась, в каких исторических условиях, и как это коррелировало с изменением отношения к безумцу. Подход же Деррида постструктуралистский. Его проект деконструкции связан с разбором любой структуры, любой бинарной оппозиции, в том числе оппозиции "разум" -- "безумие". Но ключевая оппозиция по Деррида -- это оппозиция "речь" -- "письмо". Речь присутствует здесь и сейчас, она логоцентрична, не отсылает к чему-то, ясная, полная. Письмо же не присутствует здесь и сейчас, оно всегда к чему-то отсылает, оно не полное, основано не на утверждении, а на различии, игре дифферансов, следов. Оппозиция "присутствие" -- "отсутствие".

Интересно, читали ли психиатрические тексты с позиции Деррида. Их изучали философы с позиции Фуко, исторического подхода, то есть поиска конкретных событий, условий, которые определили тот или иной статус безумца в обществе, сформировали набор дисциплинарных практик, который создал психиатрического субъекта, ставший объектом исследования психиатрии. Такой же подход у Фуко был к тюрьмам, фабрикам, школам, больницам. Суть везде одна и та же -- дисциплинарная власть, создание ею субъекта, послушных тел, которые в тоже время становятся объектом соответствующим научных дисциплин (педагогика, психиатрия, медицина, экономика). Дисциплинарная власть в отличие от суверенной не только отнимает (жизнь, здоровье, собственность), оно еще создает определенного субъекта, покорное тело. Мне еще понравилась идея Бодрийяра в понимании психиатрии. Он сказал, что "Диснейленд нам нужен для того, чтобы мы понимали, что мы не в Диснейленде". Также и психиатрия. 🙂 Для "нормальных" людей она нужна, чтобы они помнили, что они не безумцы. Но работы в духе Деррида, нацеленные на расшатывания самой конструкции безумия с позиции постструктурализма пока не видела. Но он делает это очень ловко, я пока так не могу 🙂 Кстати, Деррида является основным из цитируемых философов в trans studies, queer studies.

 

[Ksenia]

Через 2 недели заканчиваю второй курс аспирантуры. Пока не знаю, что буду делать на каникулах. Может, сказу продолжу писать про Ксюшу. Или же игру буду делать, или что-то еще программировать. Или же статью буду писать по сексологии. Посмотрим. Но надо будет немного отдохнуть от физики, а то современная физика сильно "эзотерическая". От эзотерического знания надо отдыхать, заниматься иногда чем-то приземленным.

 

[Боpя]

Может, сказу продолжу писать про Ксюшу.

Ксюша а как получается писать?
Я давно хочу тож сесть писать но типа у меня там проект писать порнушку. Транссексуальную порнушку. Фантазия есть.
Мне кажется что нужно выговориться, написать. Излить на бумаге. Пусть даж это не будет великий роман и рассказ. Да порнушка будет бодрая.

 

[dok34.ru]

"Что такое мультиомика и какие типы биологических данных она включает? Для чего необходимо исследование полного генома? Что показал протеомный анализ больных с большим депрессивным расстройством? В чем информативность липидомики при болезни Альцгеймера?

Около двадцати лет назад начали появляться новые технологии биологического профилирования, которые позволили количественно оценить десятки тысяч маркеров из стандартного образца крови. Сегодня стоимость мультиомных анализов снижается и в ближайшем будущем хорошо исследования можно будет проводить в рамках поддержки, предоставляемой стандартным финансированием. Интеграции исследований охватывают различные типы биологических данных, включая, помимо прочего, геном, протеом, транскриптом, метаболом, липидом и метагеном (Mengelkoch S., et.al., 2023).

Такой подход к оценке состояния разных систем организма в их совокупности называется "мультиомика" и считается высокоинтегративным, инновационным, междисциплинарным. Добавление термина «омика» указывает на глобальную или беспристрастную оценку набора молекул (Hasin Y,et.al., 2017). Полногеномные ассоциативные исследования (GWAS) тысяч людей позволили обнаружить ключевые генетические маркеры и различия в частотах минорных аллелей, которые влияют на профилактику, диагностику развитие и прогноз течения заболевания, а также на то, как больные, в частности, с психическими расстройствами, с этими генетическими вариантами реагируют на лечение, например, психотропными препаратами. Транскриптомика, например, включает в себя оценку уровней рибонуклеиновой кислоты по всему геному.

В отличие от транскриптомики, протеомика используется для количественной оценки различных уровней белков и пептидов, а также взаимодействий между этими белками и пептидами и включает в себя множество аналитов (например, белки, которые влияют на экспрессию цитокинов).

Исследования протеомики также имеют большой потенциал для поиска ранних биомаркеров психиатрических расстройств ( Nakayasu Е., et al., 2021 ). Например, целевой протеомный анализ лиц с большим депрессивным расстройством выявил 41 белок в плазме пациентов, которые были тесно связаны с познавательной сферой больного (фенотипом когнитивной функции) ( Schubert K., et al., 2018 ). Это исследование также выявило новые потенциальные цели для терапевтического вмешательства, включая белки CCND3, TXND5 и TRI26, которые могут привести к более эффективному лечению когнитивных дефицитов при большом депрессивном расстройстве в будущем. Метаболомные анализы количественно определяют все малые молекулы, которые являются продуктами клеточного метаболизма, такие как амино- и жирные кислоты.

Липидомика используется для оценки клеточных липидов или гидрофобных метаболитов, присутствующих в клетке или организме, и оказалась ценной для понимания механизмов многих заболеваний, включая метаболический синдром и неврологические расстройства. Липидомный анализ использовался для обнаружения биомаркеров эффективности лечения нейродегенеративных заболеваний, таких как болезнь Альцгеймера, обеспечивая лучшее понимание путей, посредством которых лечение бенфотиамином влияет на патологию Альцгеймера (Bhawal R, et.al., 2021).

Для врача​

Что показала транкриптомика данных , полученных от пациентов с болезнью Альцгеймера?

Мультиомный анализ относится к оценке и количественному определению тысяч молекул из биологических образцов (например, образцов крови, клеток и тканей), которые охватывают несколько биологических уровней. Например, геномный анализ может классифицировать целые геномы или полный набор генов, присутствующих в организме. Каждый тип молекулы в организме может быть классифицирован в пределах одного, а иногда и нескольких различных омиксов, в зависимости от рассматриваемых уровней анализа. В контексте нейропсихиатрических расстройств транскриптомика позволяет исследовать клеточную гетерогенность мозга, характеризуя сложные изменения десятков тысяч клеток.

Исследование 48 человек с болезнью Альцгеймера, в ходе которого было изучено более 80 000 транскриптомов отдельных клеток, позволило сформулировать новые гипотезы, касающиеся конкретных клетках мозга ( Mathys H., et al., 2019 ). В частности, авторы отметили, что различные типы клеток мозга демонстрируют уникальные транскрипционные изменения при болезни Альцгеймера, причем, эти нарушения различаются у мужчин и женщин, что подчеркивает необходимость терапевтических стратегий, специфичных для клеток и пола. Подобный транскриптомный анализ отдельных клеток при расстройствах психического здоровья, таких как депрессия, может выявить различные молекулярные сигнатуры и транскрипционные изменения, специфичные для пола, что дает новые идеи для таргетной терапии и персонализированных стратегий лечения.

Помимо классификации омик исключительно по определенным типам молекул, иммуномика представляет собой новый подход, используемый для лучшего понимания иммунной системы в целом путем изучения того, как различные части иммунной системы работают вместе. В настоящее время иммуномика в основном использует транскриптомику на уровне отдельных клеток иммунных клеток для изучения вопросов, связанных с иммунологией, но включение других аналитов и омик (например, цитокинов из цельной крови, метаболомики).

Микробиом кишечника состоит из микроорганизмов, живущих в желудочно-кишечном тракте, и является важной частью оси "кишечник-мозг", серии иммунорегуляторных, нейроэндокринных и вегетативных нервных путей, облегчающих двунаправленную связь между кишечником и мозгом. Эти взаимодействия важны на протяжении всей жизни, и все больше доказательств указывают на важную роль микробиома в нейроразвитии ( Lynch et al, 2023 ).

Мультиомные подходы использовались для выявления механизмов, посредством которых взаимодействия кишечника и мозга связаны с расстройствами психического здоровья, например, такими как большое депрессивное расстройство и шизофрения (Lynch C., et.al., 2023). Мультиомные исследования также использовались для выявления психобиотиков, которые потенциально могут быть использованы для улучшения депрессивного настроения (Hao Z, et.al., 2023). Мультиомические исследования показали, что добавление пищевых волокон может изменить микробиом, который, в свою очередь, изменяет метаболом, улучшая липидные профили у людей с гиперхолестеринемией.

Для исследователя​

Какие функции микроглии были открыты при объединении геномики и транкриптомики? Что показали метаболомные исследования больных с большим депрессивным расстройством? В каких случаях при проведении метаболомических исследований предпочтительно использование слюны больного? Каким образом можно интегрировать результаты мультиомики?

Изучая как геномику, так и транскриптомику клеток микроглии, исследователи обнаружили, что клетки микроглии проявляют функции, выходящие за рамки ранее известных иммунных реакций, такие как синаптическая модуляция и нейротрофическая поддержка ( Wes Р., et al., 2016 ).

Метаболомные исследования большого депрессивного расстройства выявили дифференциальную экспрессию нескольких метаболитов, связанных с депрессией, включая те, которые участвуют в передаче сигналов клетками, воспалении, гормональной активации и регуляции сна (Costa L., et.al., 2022). Ключевые вовлеченные пути включают метаболические пути кинуренина и ацилкарнитина, причем изменения в этих метаболитах часто коррелируют с тяжестью депрессивных симптомов и ответами на лечение. Например, одно исследование показало, что такие методы лечения, как кетамин или эскетамин, могут приводить к снижению метаболитов триптофана и повышению уровня глутаминовой кислоты, проливая свет на роль глутаматергической системы в большом депрессивном расстройстве ( Rotroff D., et al., 2016 ).

В одном исследовании ученые использовали липидомику для изучения механизмов, посредством которых лечение иглоукалыванием влияет на высвобождение воспалительных цитокинов в модели депрессии (Jung J, et.al., 2021). Обычно исследования мульти-омикс основаны на крови, стуле, моче, слюне, буккальных мазках или образцах твердых тканей и могут быть сопряжены с непрерывными физиологическими измерениями с помощью носимых устройств. Сбор слюны, кала и мочи является относительно малозатратным и неинвазивным для пациентов. Как правило, образцы слюны могут быть отличным выбором при проведении исследований на детях и новорожденных, поскольку слюну довольно легко собрать, и десятки биомаркеров в области геномики, транскриптомики, протеомики, метаболомики и микробиомики уже были идентифицированы при детских заболеваниях (Pappa Е., et al., 2019). Отбор проб слюны также может быть хорошим вариантом в исследованиях стресса, поскольку слюнной кортизол является биомаркером стресса и считается «золотым стандартом» в клинических исследованиях по оценке острой стрессовой реактивности.

Существует несколько подходов к интеграции данных омики, а также данных омики и не-омики. При многоступенчатом анализе сначала обнаруживаются ассоциации между типами данных, а затем между интересующими фенотипами (Ritchie M., et al., 2015). Одновременный анализ нескольких типов данных делится на три основные категории:

• (a) основанный на конкатенации или ранней интеграции объединяет несколько наборов данных омики в один набор данных, и этот объединенный набор данных затем анализируется;
• (b) основанный на преобразовании интеграции, где каждый тип данных преобразуется в промежуточную форму, такую как "граф" или "ядро", а затем интегрируется, что может происходить совместно или независимо;
• (c) основанный на модели или поздней интеграции, где каждый набор данных омики анализируется отдельно, а затем результаты объединяются.

Четвертая стратегия — иерархическая интеграция, при которой известные регуляторные связи между слоями «омики» учитываются при интеграции наборов данных. Когда целью исследования является прогнозирование заболевания или обнаружение биомаркеров заболевания, исследователи часто полагаются на широкий спектр статистических и машинных методов обучения. В отличие от анализа путей, для которого требуется большое количество связанных аналитов, исследования биомаркеров часто направлены на выявление экономного количества аналитов. Могут использоваться как одномерные, так и многомерные статистические методы.

Одномерные методы включают регуляризованную регрессию, такую как оператор наименьшего абсолютного сжатия и выбора (LASSO; Tibshirani R, 1996 ), и эластичную сеть, которая часто работает лучше, чем LASSO, когда количество признаков превышает количество субъектов, а набор данных содержит группы коррелированных переменных (Friedman J, et.al., 2010)"
...непросто, но пожалуй продуктивно...ежели хватит ширины взгляда и мышления 🙂