Надо же, оказывается, моделирование конденсированных сред с помощью молекулярной динамики можно применять и в биомедицинских исследованиях, например, для определения того, что происходит в ткане мозга при ударе головой. Но у нас в основном больше упор на металлические системы, где имеет место "электронное облако". Самое сложное в моделировании конденсированных систем -- расчет потенциальной энергии частиц. Для металлов используется метод EAM в основном.
Embedded atom model - Wikipedia Понятно, что в биомедицинских моделях внутри молекул моделируются ковалентные связи, а между ними в основном действуют либо кулоновские силы, либо силы Ван дер Вальса.
А еще для моделирования конденсированных сред используется молекулярная статика и метод Монте Карло. Их подробно пока еще не изучала.